新疆环境保护科学研究院成立于1976年5月，是自治区唯一从事环境基础科学和应用科学的科研机构。持有国家《建设项目环境影响评价资格证书（国环评证甲字第4003号）》、国家环境污染防治专项工程设计证书（国环设乙字第960038号）。现有职工91人，其中科技人员占员工总数的80%以上，具有高级职称技术人员20人，同时引进一批硕士、博士等高学历人才；设立有干旱生态研究、环境工程研究、环境污染治理工程设计、环境影响评价、分析测试、清洁生产指导中心等10个专业部门，现有27人持有国家环保总局颁发的“环境影响评价上岗证书”。拥有较先进的科研仪器和技术装备；主办国内外公开发行的《新疆环境保护》杂志。自治区最有影响力的学会?新疆生态学学会、新疆清洁生产指导中心挂靠新疆环科院。目前，新疆环科院是中国环境科学学会环境影响分会副主任单位，也是西北五省唯一一家副主任委员单位。20多年来，共取得科研成果70项（国家科技攻关项目6项；国际合作项目3项），其中，获得国家级科技进步奖2项，省部级科技进步奖20项，拥有饮用水处理装置等发明专利6项，出版专著6部，发表科技论文400余篇。
　　研究领域主要在环境科学综合研究、干旱生态环境保护研究与合理利用、环境污染治理技术研究、环境影响评价、环境工程设计施工、环保技术咨询、清洁生产技术研究及ISO14000审核、有机食品咨询认证、国际科技合作研究及相关技术推广、开发研究等方面。